Secara geografis Kantor Imigrasi Kelas II Atambua terletak di kota Atambua Kabupaten Belu, Kabupaten Belu terletak antara 124° Bujur Timur - 125° Bujur Timur. Wilayah Kabupaten Belu merupakan daerah dengan topografi berbukit. Sebelah utara berbatasan dengan Selat Ombai, sebelah Selatan berbatasan dengan Laut Timor, sebelah Timur berbatasan dengan Timor Leste, dan sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten TTU (ibu kota : Kefamenanu) dan TTS (ibu kota : Soe). Kondisi kedua kabupaten tersebut tidak jauh berbeda, dengan topografi berbukit-bukit dan lembah dengan tingkat kemiringan antara 30° - 45°. Sedangkan wilayah Kabupaten Malaka memiliki perairan (pantai) yang terhubung langsung dengan perairan bagian Barat Australia.