Berdirinya Kantor Imigrasi Atambua, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Imigrasi RI. Nomor  : Dirjenim/0402-1/Rh/73 tanggal 2 April 1973 dengan status Kantor Resort dibawah Kantor Direktorat Jenderal Imigrasi Kupang, dengan wilayah kerja meliputi 2 Kabupaten yakni Kabupaten Belu dan Kabupaten Timor Tengah Utara ( TTU ) dimana wilayah kedua Kabupaten ini berbatasan langsung dengan wilayah Negara Timor Portugis (Portugese Timor) pada waktu itu. Keberadaan Kantor Resor Imigrasi Atambua adalah untuk memudahkan pelayanan lalulintas orang antara Timor Potugis dan Timor Indonesia.

Meskipun Timor Portugis berintegrasi dengan Indonesia pada tanggal 17 Juli 1976 Kantor Imigrasi Atambua tetap exist sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis dilingkungan Kantor Wilayah Departemen Kehakiman Nusa Tenggara Timur, dengan status Kantor Imigrasi Klas III untuk pelayanan penerbitan Surat Perjalanan bagi warga negara Indoensia, dan dokumen keimigrasian bagi warga negara asing, yang pada waktu itu umumnya adalah para rohaniawan. Setelah jajak pendapat 30 Agustus 1999 dan diikuti dengan penyerahan pemerintahan dari PBB (UNTAET) kepada pemerintahan Timor Leste, maka wilayah kerja Kantor Imigrasi Atambua berbatasan langsung dengan wilayah Negara Republica Democratica de Timor Leste ( RDTL ), yaitu Kabupaten Belu dengan District Bobonaro (Maliana) dan District Covalima (Suai), serta Kabupaten Timor Tengah Utara dengan District Oecusse (enclave).

Seiring dengan perkembangan dan volume kerja yang diemban oleh Kantor Imigrasi Atambua maka, berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman dan HAM RI Nomor : M.05.PR.07.04 Tahun 2004 tanggal 19 Agustus 2004 status Kantor Imigrasi Atambua menjadi kelas II dengan wilayah kerja meliputi 2 kabupaten yakni Kabupaten Belu dan Kabupaten Timor Tengah Utara, dan sejak awal tahun 2013 Kabupaten Belu telah dimekarkan lagi menjadi 2 Kabupaten yaitu Kabupaten Belu dan Kabupaten Malaka. Ketiga wilayah tersebut berbatasan langsung dengan negara RDTL.